Joseph Hubertus Pilates nacque in Germania nel 1880 circa. Da bambino soffriva di febbre reumatica, asma e rachitismo ed era afflitto da un sistema respiratorio particolarmente debole. Al fine di migliorare la propria salute cominciò a cercare il modo di rinforzare il proprio corpo con varie tecniche di ginnastica, lo yoga e la meditazione zen.
A volgere del xx secolo la Germania costituiva terreno fertile per questo genere di sperimentazione, dato che lì svolgevano la propria attività molti pionieri nel campo delle scienze motorie, della danza e della psicologia.
Nel 1912 si trasferì in Inghilterra dove divenne istruttore di autodifesa per la scuola di polizia locale, oltre a coltivare l'interesse per la boxe e per l'acrobatica in un circo.
Allo scoppio della prima guerra mondiale fu internato in un campo di prigionia nel Lancaster, dove rimase per tutta la durata della guerra. Durante questo periodo si assunse il compito di coinvolgere i suoi compagni detenuti in un programma di allenamento quotidiano.